En desarrollo de las negociaciones se estableció que había pagado una cuantiosa suma de dinero a Diego Fernando Murillo, 'don Berna', para que lo incluyera como jefe del bloque Héroes de Granada de las Auc, con mil hombres al mando.
'El Tuso' fue solicitado en extradición por Estados Unidos para juzgarlo por el delito de narcotráfico el 17 de septiembre del 2002 cuando el Tribunal para el Distrito de Columbia lo señaló de haber organizado y supervisado el transporte de varias toneladas de cocaína desde Colombia a Estados Unidos y España, por aguas internacionales. Lo señalan de concierto para importar, fabricar y distribuir cocaína a Estados Unidos.
Los jueces cuentan con pruebas que relacionarían a Sierra con el envío de 8,8 kilos de cocaína que recibió de manos del extinto Carlos Castaño.
El 16 de septiembre del 2002 la Corte Suprema de Justicia autorizó el pedido de extradición del 'Tuso'. Fue avalada por el presidente Uribe el 27 de septiembre de ese mismo año.
El Gobierno anunció ese día que no reconocía a Juan Carlos Sierra como negociador de las autodefensas en Santafé de Ralito, por sus posibles vínculos con el narcotráfico y ordenó su detención.
Pocos días después, el 5 de octubre, el gobierno Nacional reveló la lista de los ocho integrantes de las Auc, solicitados en extradición, grupo en que estaba el nombre de Sierra por narcotráfico.
En ese entonces el alto Comisionado para la Paz, Luis Carlos Restrepo, admitió que su inclusión en la lista de negociadores había sido una irregularidad en el proceso de negociación.
Sin embargo, en el 2004 se entregó a las autoridades en Rionegro (Antioquia) como miembro desmovilizado de las autodefensas y el Gobierno suspendió su extradición. Esta mañana fue incluido en el grupo de 13 ex jefes 'paras' extraditados.
El presidente de la Corte Suprema de Justicia, Francisco Javier Ricaurte, explicó que la corte ya había dado concepto favorable para la extradición de los ex jefes 'paras', por lo que era potestad del gobierno hacerla efectiva. Así, y luego del decreto del Gobierno de hace tres semanas de permitir expulsiones de la Ley de Justicia y Paz, Uribe contaba con todas las herramientas jurídicas para dar el paso que dio.
Sin embargo, el alto tribunal en sala plena analizará el tema de las extradiciones.
